1、简介
随着分子生物学的发展,芯片和测序已经成为研究基因的最广泛手段,由此也产生了海量的数据。NCBI GEO数据库收录了来自全世界的数据。这些数据中包含的丰富的生物学信息。我们通过一系列软件、工具对数据进行处理,会获得可能与疾病相关的关键基因,关键基因富集的通路,调控关键基因的转录因子等关键信息,这将为机制研究和临床防治提供重要参考。
2、流程图
RNA-seq标准化分析条目:
(1) 对原始数据进行去除接头污染序列及低质量 reads 的处理
(2) 参考基因组比对
(3) 进行基因表达定量分析
(4) 可变剪切分析(真核)
(5) 新转录本预测
(6) 差异表达基因分析(2个或者2个以上的样本)
(7) 差异基因的表达模式聚类分析
(8) 差异基因的GO功能富集分析和KEGG PATHWAY富集分析
(9) SNP分析。
3. 部分类似结果展示
示例图 火山图与热图
示例图 PPI网络图
示例图 功能富集分析,包括GO BP,CC,MF 和KEGG PATHWAY
示例图 生存分析KM曲线图